抗体多肽如何定制？抗体多肽的设计原则

为了使生产抗体获得最佳效果，仔细地设计抗原多肽是很必须的，设计应达到一个基本标准：在免疫过程中，该抗原既不容易产生过强的免疫反应，另外又能产生出感兴趣的蛋白有结合工作能力的抗体。虽然抗原设计是一个很繁杂的课题研究，有众多需要注意的关键点，已超出了大家能够出示的范畴，根据大家所累积的工作经验，有几点重要的基本设计原则能够出示给大家参照：

1、确定抗体的用途（应用）

新进行一个研究新项目，搞清楚所感兴趣的蛋白的一些基本特点是很必须的，尤其是假如了解蛋白的构造会对选择抗体便于接触和识别的识别地区有很大的协助。然而，在没有那样精准的构造信息（大部分是这类状况）的状况下，掌握研究的用途（应用）会危害多肽设计的对策。比如：假如研究关键是集中化在蛋白的不一样地区，如C端或N端，或在一种特定情况下的蛋白，如磷酸化等，那么依照所需序列设计的多肽和产生的相对的抗体在应用上应当没有很大的艰难，然而，蛋白的构象将危害抗体两者之间识别地区中间的相互作用。这类状况下很有可能存在的问题是假如在伸缩的蛋白中，该识别地区被藏在蛋白的內部，抗体将没法接触到该地区。（没法产生相互作用）。

2、识别地区的选择标准

一般说来最理想化的抗原性识别地区应具有亲水、坐落于蛋白表面和构造上易形变性等特性。由于在大部分的天然（自然）环境中，亲水地区倾向于集中化在蛋白表面，而亲水性地区经常被包裹在蛋白內部，一样大道理，抗体只有与在蛋白表面发觉的识别地区相互作用，而当这种识别地区有充足的构造易形变性而迁移到抗体可接触的部位时，可能与抗体间有很高的亲和性。

3、连续的与不连续的识别地区

连续的地区就是指由连续的氨基酸序列（残基）组成的识别地区。大部分抗体是对于连续识别地区的，抗体能与这种地区以很高的感染力相结合说明这段序列没有蛋白內部。不连续的识别地区是意味着有一定伸缩的一段多肽序列，或者将两段分离去的多肽连在一起的抗体的识别地区。在一些状况下，对于那样不连续识别地区的抗体也可以产生，仅仅用于免疫的抗原多肽务必具有与该不连续识别地区类似的二级结构，而序列的长度需要合乎相关的规定。

4、基本建议

为了防止识别地区隐藏在蛋白內部的风险，大家一般建议选择蛋白的N，C两边来产生的相对的抗体。由于在详细的蛋白中，N，C两边一般是曝露在蛋白表面的。然而，一定要注意膜蛋白的C端疏水性太强，不宜做为抗原。

5、序列的长度

一般大家建议抗原多肽的序列长度在8-20个氨基酸残基中间，假如过短，就会有多肽太独特、所产生的抗体与天然蛋白中间的感染力（结合工作能力）不足强的风险，一样，假如序列长度超出20，将有可能引进二级结构，所产生的抗体失去特异性的很有可能，并且肽链越长，一般生成难度扩大，不易得到高纯度的商品。

6、载体蛋白交联的选择

基本原则：将载体蛋白加在避开抗体识别地区的一端，在序列中没有Cys的状况下到N或C端再加上Cys为交联的优选方式。

7、常用分析软件

MacVecforTM;DANstarTM;PC-GeneTM